Saiba como é feito o sequenciamento para identificar variantes da Covid-19 no Ceará
Sequenciamento genômico do SARS-CoV-2 é realizado pela Fiocruz, em trabalho em conjunto com o Hemoce e a Secretaria Estadual da Saúde
As mutações do novo coronavírus adiam a perspectiva de fim da pandemia de Covid-19, demandando mais investimentos e esforço científico para conter a doença. No Ceará, onde a transmissão da variante Delta já é comunitária, o sequenciamento genômico do SARS-CoV-2 - que permite a caracterização genômica de novas variantes - é realizada pela Fundação Oswaldo Cruz (Fiocruz).
Além de fornecer subsídio para custear as análises, a Fiocruz Ceará também desenvolve um fluxo para sequenciamento prioritário das amostras suspeitas de conter novas cepas, em um trabalho conjunto com o Centro de Hematologia e Hemoterapia do Ceará (Hemoce) e a Secretaria da Saúde do Estado (Sesa).
A leitura do material genético selecionado para sequenciamento prioritário é finalizada em até 10 dias, precedida pela triagem prévia de casos suspeitos de variantes de preocupação (as chamadas VOC, sigla para o termo em inglês variants of concern), e a conclusão de outros “múltiplos passos”, aponta o coordenador da Rede Genômica da Fiocruz Ceará, pesquisador Fábio Miyajima.
“O SARS-CoV-2 é um vírus RNA, não tem DNA nele. Então tem que converter ele de RNA pra DNA, amplificar, fragmentar em pedacinhos controlados o genoma, e indexar com um código de barra esses fragmentos. Eles são purificados, depois diluídos numa concentração mínima, e faz essa diluição com desnaturação para deixar o material pronto. Aí coloca todo o reagente no sequenciador para colocar a bateria de amostras”, resume.
Segundo Miyajima, dependendo do cartucho, é possível fazer o sequenciamento de 40 até 250 amostras em uma única bateria. Porém, quanto maior o número de amostras, maior será o tempo demandado para sequenciá-las. “Aí essa análise fica correndo no sequenciador em vários ciclos, mais de 300, 400 ciclos, depende. E isso leva mais de um dia, um dia e meio, até dois dias, três dias, depende da sistemática”.
Virologista, epidemiologista e professora da Faculdade de Medicina da Universidade Federal do Ceará (UFC), Caroline Gurgel detalha que o sequenciador genético se trata de um equipamento “caríssimo”, que demanda o uso de um software e de profissionais especializados para fazer as leituras.
“Ele [sequenciador] tem vários capilares, como se fossem fiozinhos de silicone ultrafinos por onde fica passando o material genético do vírus que são várias letrinhas diferentes, o que a gente chama de código. Então, você tem um código, ele é depositado em um banco, e aí você consegue vislumbrar em que se encaixa aquela variante ali dentro daquele banco. Faz isso pra cada amostra de vírus e ele libera uma sequência. Você coloca no software do computador e ele vai mostrando o grau de similaridade entre esses códigos genéticos e encaixando esses vírus nas suas respectivas caixinhas, digamos assim”.
Após a leitura, é possível afirmar se aquela amostra sequenciada corresponde a uma cepa original, ou à Gama (P1) ou Delta, etc. Apesar de priorizar o rastreio de casos emergenciais atrelados às novas cepas, frisa Fábio Miyajima, a Fiocruz também analisa paralelamente a distribuição da população viral no Estado.
Sequenciamento “muito tímido”
Para Caroline Gurgel, o sequenciamento genômico ocorre de forma “muito efetiva” no Ceará, mas ainda “muito tímida”. Um dos fatores limitantes para o Estado e para todo o Brasil, elenca a virologista, é o alto valor de investimento demandado no processo.
“[É necessário] ter recurso humano capacitado pra fazer a leitura disso, o próprio software e o equipamento [sequenciador], que é caríssimo. Agora, com o aumento do dólar, deve estar mais caro ainda, e [tem] a compra dos capilares”.
A quantidade de testes realizados no Ceará também fica aquém do necessário, estima Caroline Gurgel. Ela lembra que o Centro de Testagem para Viajantes, implantado em julho no Aeroporto Internacional de Fortaleza – Pinto Martins, submete somente 20% dos passageiros que desembarcam no local a testes rápidos de antígeno. O que corresponde a “pouquíssimas amostras” testadas.
Somente por meio dos testes realizados no Centro de Testagem do aeroporto, a Sesa confirmou 15 casos da variante Delta da Covid no Ceará. A maioria são jovens, que apresentaram apenas sintomas leves ou foram assintomáticos.
A minha expectativa é que, para cada um [resultado] positivo [da variante Delta], a gente encontre bem mais outras por aí, bem mais mesmo. E essa é a minha preocupação, de que quando [a nova cepa] comece a vir, o ritmo dos casos tome a proporção de explosão. Fica silencioso e aí de repente tem explosão de casos e todo mundo fica sem saber o que fazer. Por isso teria que aumentar a vigilância”
No momento em que uma terceira onda pandêmica ameaça invadir o Ceará, impulsionada pela Delta, se torna ainda mais imprescindível elevar a vigilância epidemiológica molecular viral no Estado, avalia Caroline Gurgel, vislumbrando como ideal o sequenciamento de todos os passageiros oriundos de áreas onde há transmissão comunitária da nova cepa, como Rio de Janeiro e São Paulo.
De acordo com ela, as variantes da Covid têm “importância epidemiológica muito grande, visto que não têm uma defesa cruzada entre elas. Ou seja, se você for exposto inicialmente a uma determinada variante, ela não confere proteção a outras, por mais que você tenha anticorpos”.
Maior capacidade
Miyajima reconhece que a Fiocruz já chegou a realizar mais duas mil triagens em parceria com a Sesa, sendo várias negativas, pois não estavam em controle de qualidade suficiente.
Por outro lado, avalia que a capacidade de sequenciamento no Ceará, antes limitada, ficou maior, se tornando um modelo de “vigilância mais proativa”, e não mais reativa ou passiva à ação de inimigos desconhecidos como o coronavírus.
“[O Ceará] está entre os estados com uma agenda, vamos dizer assim, mais ativa, mais vigilante, até mais agressiva na questão de ir atrás desses casos, de tentar realmente minimizar essa questão da transmissão autóctone e a transmissão comunitária dessas variantes novas. A gente sabe que essa variante Delta é altamente transmissível, então temos quer evitar que ocorra a tragédia que aconteceu com a P1”.
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O intervalo entre o resultado do teste rápido de antígeno no aeroporto e o retorno do sequenciamento também ocorre em um prazo de sete a dez dias. E sem suporte de fora, pois todo o processo passou a ser feito no Ceará desde junho, enumera o pesquisador.
“É uma mágica fazer isso aí porque não depende só da gente, depende deles [Sesa] fazerem o trabalho na ponta, depende do laboratório que recebe a amostra fazer a triagem rápida, que é o laboratório de biologia molecular no Hemoce, e aí a minha equipe trabalha, já preparando amostra pra poder trazer pra Fiocruz”, diz.
“A gente já fez mais de mil genomas entre genomas para fins de investigação científica, mas principalmente para vigilância genômica epidemiológica. Então é um trabalho que está sendo muito bem feito agora, muito esforço para capacitar, implementar, operacionalizar isso tudo, otimizar tudo. A gente realmente trocou o pneu com o carro andando”.
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